1596년(선조 29년)에 태의 허준이 왕명을 받아 유의 정작, 태의 양예수 등과 함께 국(局)을 설치하고 편찬을 시작하여 1613년(광해군 5년) 내의원에서 훈련도감의 개주갑인자로 간행되었다. 세종 때에 편찬된 ≪향약집성방≫에 비하여 그 편제가 매우 체계적일 뿐만 아니라, 그 내용이 ≪내경≫을 근간으로 하고 중국의 금·원 대의 의학을 대폭 수용하고 있는 것이 특징이다. 25권 25책으로서 내경편 6권, 외형편 4권, 잡병편 11권, 탕액편 3권, 침구편 1권으로 구성되어 있다. 이상의 5대 강편 아래에 세목을 자세히 나누어 각종 병증의 증후, 병인, 치법 등의 내용을 기술했다. 또한 출전을 덧붙여 그 병증에 관한 고금의 치방을 일목요연하게 파악할 수 있도록 하였으며, 경우에 따라서는 자신의 경험방을 첨가하기도 하였다. 우리나라에서 출간된 뒤에 청나라와 일본에서 여러 번 번각되었으며, 최근까지도 민국상해석인본·대만영인본 등이 계속 출간되고 있다.

≪고사촬요(攷事撮要) 잡용속방편(雜用俗方篇)≫

고사촬요는 1554년(명종 9년)에 세족당 어숙권이 편찬한 유서로서 조선시대의 사대교린을 비롯하여 일상생활에 필수불가결한 일반상식 따위를 뽑아 엮은 것이다. 어숙권의 원찬에서부터 1771년(영조 47년) 서명응이 ≪고사신서≫로 대폭 개정·증보하기까지 무려 12차에 걸쳐 간행되었다. 1743년(영조 19년) 개수본의 권말에 잡용속방편을 두어 두창경험방, 벽온잡방, 상한잡방, 상서잡방, 환약복방, 구급방, 주방 등의 잡병 경험방 및 기타 일용 제반 속방 등을 기재하였다. 이로써 약물 및 본초학에 관한 당시의 발전 상황을 어느 정도 짐작할 수 있다.

≪고사신서(攷事新書) 의약문(醫藥門)≫

고사신서는 1771년(영조 47년)에 서명응이 어숙권의 ≪고사촬요≫를 대폭 개정·증보한 것으로, 사대부로부터 관리 및 일반 선비들에 이르기까지 항상 기억해 두어야 할 사항을 기록하였다. 모두 12문으로 나뉘어 있는데, 일용문에는 구본의 잡병방 및 일용 속방들이 많이 증가되었으며, 의약문에는 일상 구급에 필요한 많은 경험방들을 열거하였다. 이러한 일용 상식의 편람서에 약물 및 본초학에 관한 지식이 비교적 상세히 기재된 것은 그 당시 사람들의 보편화된 의학 지식을 엿볼 수 있게 한다.

≪증보산림경제(增補山林經濟) 구급편(救急篇)≫

조선 숙종 때 실학자 홍만선이 편찬한 ≪산림경제≫를 1766년(영조 42년)에 유중임이 증보하여 엮은 종합적인 농가경제서로서 농촌 생활에 관련되는 주택·건강·의료·취미·흉년대비 등에 이르는 내용을 논술하고 있다. 이 중 구급편에 응급 처리에 관한 치료 방문들이 많이 포함되어 있는 것으로 보아 산림 경제에 있어서 의료에 관심이 컸던 것을 사료할 수 있다.

≪마진기방(麻疹奇方)≫

1759년(영조 35년)경에 홍역의 치료법과 처방에 대하여 구술한 것을 기본으로 하여 후세에 편집된 것으로 보여진다. 마진에 관하여 시통, 발반, 소반, 중출, 열후, 여증 등을 설명하고 그 처방을 적었으며 그밖에 마진을 앓는 중 동반되는 여러 증상들에 대해서 기술하였다.

≪마진편(麻疹篇)≫

1786년(정조 10년)에 당시의 명의 원학산인 유이태가 저술한 마진에 관한 전문의서로서 오랫동안 사본으로 전해 오다가 1931년에 경상남도 진주에서 박주헌이 간행하였다. 마진을 처음 앓을 때부터 반진이 솟고 걷히기까지의 상황에 따른 치료법과 기타 잡증을 치료하는 방법 및 예방법까지 통틀어 설명하고 조목별로 해설한 후 사용된 처방문을 한꺼번에 모아서 정리하였다.

≪마과회통(麻科會通)≫

다산 정약용이 1797년(정조 21년)에 편술한 마진 전문의서로서 ≪여유당전서≫ 제7집에 수록되어 있다. 이헌길의 ≪마진방≫을 기초로 하고 임서봉의 ≪임신진역방≫, 허준의 ≪벽역신방≫, 조정준의 ≪급유방≫, 이경화의 ≪광제비급≫등 우리나라의 의서와 중국의 마진 의서 수십 종을 참고로 하여 마진의 치법에 대하여 논술하였다. 내용은 크게 원증편, 인증편, 변사편, 자이편, 아속편, 오견편, 합제편 등으로 이루어져 있다. 특히 아속편과 오견편에서는 우리나라에 유행했던 마진을 중심으로 그 병증을 관찰하고 치방을 기술하였다. 우리나라 마진학의 최고봉으로 평가되며, 마진 치료에 대한 수준이 상당히 발전되어 있었음을 자랑할 만하다.

≪단곡경험방초(丹谷經驗方抄)≫

저자와 연기가 알려져 있지 않는 의서로서 필사본 1권으로 되어 있다. 그 내용이 주로 ≪동의보감≫ 의 내경편과 외형편에서 저자가 필요하다고 생각되는 부분을 뽑아서 기록한 것이다. 신체 각 부분에 대한 특징을 설명하고 그 부분에 생기는 질병에 대해서 '단방'이라고 하여 그 치료법을 적었다.

≪급유방(及幼方)≫

1749년(영조 25년)에 조정준이 편찬한 우리나라 최초의 소아과 전문의서로서 인본은 전해지지 않고 필사본 13권 4책이 전해진다. 이천의 ≪의학입문≫, 전을의 ≪소아약증직결≫ 등을 인용하여 편찬한 것이지만 저자의 의견을 많이 도입하고 또한 저자의 경험한 실례를 실어 중국의 의서를 모방하지 않고 독창적인 것이 많다. 단순히 증상을 나열하고 처방을 기록한 것이 아니라 병인과 병리를 밝히고 있어 비교적 변증논치의 정신이 잘 반영되어 있다. 초생아의 목욕 및 포유법으로부터 소아의 진역·경기 등과 소아들이 걸리기 쉬운 일반 병증, 소아들의 약치·식치에 이르기까지 빠짐없이 거의 망라하고 있어 소아의 치료학으로 실용적인 가치를 자랑할 수 있다.

≪경험비방소아보감(經驗秘方小兒保鑑)≫

1898년(대한제국 광무 2년)에 태의원 전의를 지낸 최규헌의 유고를 1936년에 이기영, 이명칠이 편찬하여 활문사에서 간행한 소아과 전문의서이다. 내용을 보면, 열거된 병증 다음에 그 질병의 원인과 병상을 간략하게 설명하고 그 병증의 치료에 필요한 약방들을 병기하고 있다.

≪동의수세보원(東醫壽世保元)≫

1894년(고종 31년)에 동무 이제마가 저술한 것으로서 우리나라 최초로 사상의학이라는 독특한 학설을 정립한 의서이다. 책명의 동의는 중국의 의가와 구별하기 위한 것이며, 수세는 온 세상 인류의 수명을 연장시킴을 뜻하는 것이고, 보원은 만수의 일원의 도를 보전함을 뜻한다. 사상의학은 사상유형의 체질의학이다. 즉 사람을 그 체질에 따라서 태양·소음·소양·태음의 4가지 유형으로 나타내고 있으며, 여기에 따라서 같은 이름을 가진 질병이라 하더라도 처방과 약의 선택이 달라짐을 말하고 있다.